下游处理：指从动物组织、植物组织或发酵液等自然来源中回收和纯化生物合成产品，特别是制药产品，包括可回收组分的再利用以及废物的妥善处理和处置。它是制造抗生素、激素（如胰岛素和人类生长激素）、抗体（如英夫利昔单抗和阿比西酮）和疫苗；用于诊断的抗体和酶；工业酶；以及天然香料和风味化合物的关键步骤。下游处理通常被认为是生化工程的专业领域，而生化工程本身是化学工程的一个专业领域。许多关键技术是由化学家和生物学家为实验室规模的生物和合成产品分离开发的，而生化和化学工程师的角色是将这些技术发展到更大的生产能力。