还存在有其他难以界定的配子体系统，它们具有两个或更多的基因座，通常产生部分自交不亲和。
在配子体识别系统中，花粉管顶端的核糖体RNA可能被花柱内的这种蛋白质识别而使之失活。
孢子体和配子体识别可能同时存在于不同的类群中，甚至存在于同一种植物中。
在配子体相互作用中，花粉萌发后，通常雌株在花柱中识别生长的花粉管。
在配子体SI中，S基因合成具有RNA酶活性的糖蛋白，可能是该糖蛋白使花粉管的顶端的RNA失活。
等位基因的数量与配子体系统相近，但是某些等位基因具有优势序位。
它可能涉及配子体识别系统或孢子体识别系统或者是这两个系统的结合。