本文并不试图成为一个全面的理论指导，而是描述一个严格的方式获得系统进化树。
人类心里如同人类躯体，它们都带有各自种系进展史的遗迹。
系统进化分析也显示其与斑马鱼CCL4基因的亲缘关系最近。
最新的分子系统发育研究显示，腺齿木科是现存被子植物的重要基部类群之一。
蝗总科昆虫的科级分类一直是一个存在争议的问题，也是直翅目昆虫系统发育研究中的一个热点。
但到目前为止有鳞目内部的系统发生关系一直存在许多争议。
初步研究表明，AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示烟草种质资源的遗传背景和亲缘关系。
水生肉食亚目的科间水平系统发育关系虽被广泛研究，但观点仍不统一。
迄今，蝗科内各分类阶元之间的系统发生关系大部分是未知的。
结论：进化足迹法可以有效地降低转录因子结合部位预测结果中的假阳性率。
搜索提供基因组序列揭示了数量有限的圈基因，这是我们划分的系统发育分析。
今天，包括蛋白质和DNA序列的分子数据被用于构建系统进化树。
分子水平的系统发生分析相对于经典系统发生方法更加科学、可靠。
通过系统进化树的构建对IPP异构酶的系统发育进行分析研究。
利用多基因分析方法研究了红树植物主要科的系统发育关系；
因此，简言之，系统发育研究提供了一致证据表明，新病毒的直接家长即猪病毒。
长臂猿的喉头脱逃了巨猿及人类的基本方案，因此反映了牠们特殊的动植物种类史的位置。
长期以来，直翅目学者都在探讨直翅目各类群之间的系统发育关系。
分子进化的研究表明雉科各属的起源主要集中在上新世。
瓦形细胞在广义锦葵科中的分布，对研究一些类群的系统发育有意义。
然而，进化阶段上的短距离，即另一个非物理疆界出现了，它存在于物理疆界之外。
不过基于16SrRNA序列的分类树却对医学的贡献越来越大，主要体现在两个方面。